Wojna Świętego Graala: brutalna bitwa pomiędzy magami, w której siedmiu mistrzów i ich przyzwani słudzy walczą o Świętego Graala. Magiczny artefakt potrafiący spełnić każde życzenie zwycięzcy. Prawie 10 lat temu, finałowa walka Czwartego Świętego Graala spowodowała zniszczenia w mieście Fuyuki i zabrała ponad 500 istnień, pozostawiając miasto zdewastowane.
Shirou Emiya, niedobitek tej tragedii, aspiruje do zostania Bohaterem Sprawiedliwości jak jego wybawca i przybrany ojciec, Kiritsugu Emiya. Pomimo bycia zwyczajnym uczniem, Shirou zostaje wrzucony do Piątej Wojny Świętego Graala, kiedy przypadkowo widzi walkę pomiędzy sługami w szkole, wzywa swojego własnego, Saber.
Kiedy tajemniczy cień zaczyna rzeź w Fuyuki, Shirou łączy siły z Rin Tohsaką, innym uczestnikiem Wojny Świętego Graala, w celu zatrzymania śmierci niezliczonej liczby ludzi. Jednak uczucia Shirou do jego bliskiej przyjaciółki Sakury Matou prowadzą go głębiej w mroczne sekrety otaczające wojnę i zwaśnionych rodów w nią zaangażowanych.