Piąta Wojna o Graala ciągnie się dalej, a następujący po niej chaos podnosi stawki dla wszystkich jej uczestników. Shirou pragnący zostać bohaterem dla każdego potrzebującego jest zdeterminowany do dalszej walki. Wyrusza w poszukiwaniu prawdy kryjącej się za tajemniczym cieniem oraz jego morderczym szałem.
W tym samym czasie, Shinji Matou wprowadza własne plany w ruch, grożąc Shirou przy pomocy swojej siostry, Sakury Matou. Shirou oraz Rin łączą siły w celu wyzwolenia Sakury od znęcającego się nad nią bratem. Jednak wraz ze stopniowym wychodzeniem na jaw prawdy ukrywanej przez rodzinę Matou, na wierzch wypływa coraz więcej szpetnych sekretów.
Film Fate/Stay Night: Heaven's Feel - II skupia się na pozostałych Mistrzach, ich Sługach oraz ich walce między sobą w nadziei na zdobycie legendarnego Świętego Graala. Jednak kiedy długie cienie zaczynają pokrywać miasto Fuyuki, ich święta wojna zaczyna być zagrożona.