Kontynuacja alternatywnego zakończenia Steins;Gate.
Historia skupia się na szalonym naukowcu Okabe, który ma trudności z otrząśnięciem się po nieudanej próbie ocalenia Kurisu. Okabe decyduje poddać się i odciąć od swojego naukowego alter ego w celu zapomnienia o przeszłości. Kiedy wszystko zaczyna się układać, zostaje ponownie wciągnięty w wydarzenia z przeszłości dzięki spotkaniu ze znajomą Kurisu, która opowiada mu o tym, że zaczęto testy urządzenia, które przechowuje ludzkie wspomnienia i tworzy z nich symulację - włącznie z cechami charakterystycznymi i osobowością. Okabe uczestniczy w testach, żeby dowiedzieć się, że symulacja sprowadziła nie tylko cierpienie, ale i kilka nowych, nieprzewidywalnych tragedii.